Često se čuje tvrdnja da organska proizvodnja isključuje korišćenje đubriva, ali to nije samo netačno, već i ne preporučuje se. Pravilno đubrenje je izuzetno važno za organsku, kao i za ostale metode proizvodnje, s tim što je u organskoj proizvodnji ograničeno na upotrebu prirodnih đubriva.
U organskoj proizvodnji se koriste različita đubriva kao što su organska, mineralna i mikrobiološka, kako bi se obezbijedila ishrana biljaka i poboljšalo kvalitet zemljišta. Đubrenje u organskoj poljoprivredi ima za cilj pravilno snabdijevanje zemljišta hranljivim materijama i pravovremeno obezbjeđivanje biljaka, uzimajući u obzir smanjenje gubitaka.
Na taj način se daje prioritet đubrenju zemljišta umjesto samo đubrenju biljaka u uzgoju. Pravilna upotreba hranjivih materija ima za cilj održavanje plodnosti zemljišta na agronomski i ekonomski održivom nivou, što je ključni preduslov za uspješnu organsku proizvodnju.
U organskoj biljnoj proizvodnji dozvoljeno je korišćenje različitih organskih đubriva, uključujući stajsko đubrivo, osušeno stajsko đubrivo, dehidrisano životinjsko đubrivo, kompostirane životinjske izmete, tečne životinjske izmete, kompostirane ili fermentisane otpatke sa gazdinstva, treset, ostatke posle proizvodnje pečuraka, ostatke uginulih crva i insekata, guano, kompostirane ili fermentisane smjese biljnih materija, proizvode ili nus-proizvode životinjskog porijekla, proizvode i nus-proizvode biljnog porijekla za đubrenje, morske trave i proizvode od morskih trava, strugotine ili drvene ostatke, kompostiranu koru drveta i drveni pepeo.
Ukoliko gazdinstvo ne posjeduje sopstveni stočni fond, dozvoljeno je nabavljanje organskih đubriva sa drugih farmi, bez obzira da li su tradicionalne ili organske. Međutim, prilikom nabavke se vrši kontrola koja uključuje zahtjev za potvrdom da u đubrivu nema prisustva genetski modifikovanih organizama. Korišćenje đubriva koja potiču iz intenzivnih sistema nije dozvoljeno.
Organska proizvodnja se oslanja na korišćenje različitih vrsta organskih đubriva poput stajnjaka, komposta, zelenišnog đubriva i glistenjaka. Ova đubriva igraju ključnu ulogu u proizvodnji zdrave i bezbjedne hrane, budući da se nekontrolisana upotreba mineralnih đubriva može negativno odraziti na proizvodnju.
Jedan od preduslova za uspješnu proizvodnju je integrisana biljno-stočarska proizvodnja, jer samo takav pristup omogućava efikasno kruženje hranljivih materija unutar farme, smanjujući potrebu za velikim spoljnim ulaganjima.
U organskoj proizvodnji se dozvoljava korišćenje određenih mineralnih đubriva, kao što su mljevene fosfatne stene, aluminijum-kalcijum fosfat, troska, šljaka, sirove kalijumove soli ili kainit, kalijum-sulfat s mogućim sadržajem magnezijumovih soli, džibra ili ekstrakti od džibre, kalcijum-karbonat, magnezijum i kalcijum-karbonat, magnezijum sulfat, rastvor kalcijum-hlorida, kalcijum-sulfat, industrijski kreč iz proizvoda industrije šećera, industrijski kreč iz proizvoda vakuumske soli, elementarni sumpor, natrijum-hlorid, kameno brašno i glina.
Mikrobiološka đubriva trebaju sadržavati korisne vrste i sojeve mikroorganizama koji će pokrenuti određene mikrobiološke procese i obezbijediti biljku hranljivim materijama. Ovi mikroorganizmi trebaju imati sposobnost preživljavanja i prilagođavanja novim okruženjima i specifičnim uslovima zemljišta, kao i visoku sposobnost takmičenja s prirodnim populacijama mikroorganizama.
Organska proizvodnja ne isključuje korišćenje đubriva, već preporučuje pravilno đubrenje radi održavanja plodnosti zemljišta i pružanja adekvatne ishrane biljkama. U organskoj poljoprivredi se koriste različita đubriva kao što su organska, mineralna i mikrobiološka, ali se ograničava na upotrebu prirodnih đubriva. Đubrenje zemljišta ima prioritet u odnosu na đubrenje biljaka, kako bi se održala plodnost zemljišta na održivom nivou. U organskoj proizvodnji se koriste organska đubriva poput stajskog đubriva, komposta, zelenišnog đubriva i glistenjaka, dok se određena mineralna đubriva dozvoljavaju u ograničenim količinama. Takođe, mikrobiološka đubriva koja sadrže korisne mikroorganizme imaju važnu ulogu u obezbjeđivanju biljkama hranljivih materijala. Integrisana biljno-stočarska proizvodnja je ključna za efikasno kruženje hranljivih materija unutar farme.